第一百八十三章 老裘，你的病有救啦！(5.4K) (第3/4页)

果是培养皿培育出的菌株，检测或者对比的难度往往都不高。

    但对象若是自然界富集的样本，cao作起来就比较麻烦了。

    徐云所说的16s相似度检测，指的是核糖体小亚基的rna组分检测。

    也就是16srrna。

    这部分长度大约1500nt，不同物种略有差异，算是目前主流的九大新物检测步骤之一。

    五分钟后。

    裘生抬起头，对徐云道：

    “老徐，准备好了，引物你觉得用啥？”

    徐云想了想，很快道：

    “1492r吧。”

    “好嘞！”

    半个小时后。

    裘生抬起头，打了个响指：

    “搞定，扩出来了，blast的密匙你有吧？”

    徐云朝他竖起一根大拇指示意干得漂亮，随后走到cao作台边，噼里啪啦的输了一大串密匙。

    做过新种检测的同学应该都知道。

    16s相似度检测的界限其实有些模糊，因为不同分类群的检测相似度阈值是不一样的。

    比如有的是97%，有的是99%。

    只是在通常情况下。

    相似度超过97%的，就可以认为是一个物种。

    相似度低于97%的，就可以认为是不同物种，进行下一阶段检测。

    不过就是这样一种不太精细的检测手段，却依旧是很多新物检测迈不过去的一道坎：

    大部分样本在经过检测之后，都会发现相似度在99.99%以上，与其他某某微生物是同一物种。

    总而言之。

    这项技术在定属方面还是靠谱的。

    又过了一会儿。

    裘生一脸惊喜的抬起头，声音骤然拔高了几分：

    “老徐，相似度46.9%，46.9%！！”

    “毫无疑问，这是一类新物！”

    徐云认真的看了他一眼，确认道：

    “只有一种新物吗？”

    “没错，只有一种！”

    徐云若有所思的点点头，又道：

    “那就继续上磷脂脂肪酸和呼吸醌鉴定吧。”

    众所周知。

    新物鉴定一般都有九个流程：

    1、16s相似度。

    2、形态学观察。

    比如这个菌的形状、大小、鞭毛情况等等，还包括最适生长条件的确定。

    3、磷脂脂肪酸鉴定，这个具有属特异性。

    4、呼吸醌，也就是看一下占优势的呼吸醌是哪种，这个有种特异性。

    5、分子杂交，也就是测定基因组序列，草图就行，然后跟近源物种去比较。

    相似度超过70%是一个种，低于70%是不同物种。

    6、碳源利用情况，看一下能利用哪些碳源，一共有95种碳源的测试。

    7、api试剂盒鉴定，生理生化鉴定的一方面。

    8、gc含量。

    9、革兰氏染色。

    大概经过这些方面的检查，就可以确定是不是新种了。（注：不知道这样写的比较详细大家愿不愿意看？这种详细流程应该没有其他书写过，找人问其实很麻烦的，